"V tom momentě mám obě soustavy galvanicky oddělené a mám klid"

Až tak jednoduché to už dnes nemusí být. Trafo sice galvanicky oddělí, ale má nezanedbatelnou kapacitní vazbu - i kdyby mělo vícenásobné stínění. Běžně se díky spínaným zdrojům vyskytují GND u některých přístrojů proti PE docela pěkně zasviněné a pak je otázka, kudy a kam se ty kapacitní proudy budou ubírat. Uvědomte si, že běžné symetrické vstupy nemají optimální chování pro celé kmitočtové spektrum, pak už záleží, co kde s kým interferuje...